Full Metal Panic! The Second Raid

گروهبان مزدور سوسوکه ساگارا از میتریل و دختر مدرسه ای "Whispered" پس از غلبه بر وقایع مختلف آشفته، به زندگی عادی دبیرستان خود باز می گردند. سوسوکه به تلاش‌های خود برای همسان شدن با جمعیت غیرنظامی و مدیریت ماموریت خود در همان زمان ادامه می‌دهد، در حالی که کانام تلاش می‌کند از تلاش‌های او حمایت کند (حتی اگر شیطنت‌های او اغلب او را از دیوار بالا می‌برد). با این حال، با آرام شدن زندگی آنها، مشکلات جدیدی ظاهر می شوند. ظهور یک سازمان تروریستی مستقل به نام آمالگام و درگیری‌های داخلی در میتریل تهدید می‌کند که اتحاد را به یک سری از شکست‌ها و خیانت‌ها تبدیل کند. و مدل‌های جدید و قدرتمند Arm Slave تنها زمانی وضعیت را بدتر می‌کنند که صلح جهان در خطر باشد. در حالی که کانام و سوسوکه با نبردهای درونی خود در میان دعواهای تهدید کننده زندگی روبرو می شوند، آیا می توانند انتخاب های درستی داشته باشند و آینده خود را تغییر دهند؟